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 ― 下準備・基礎編 ―

【Linux/ubuntsu】Windows10でバイオインフォマティクス系ソフトウェアを使うための準備 - 研究メモ (hatenablog.com)

【超初心者向け】ソフトウェアのインストール方法 - 研究メモ (hatenablog.com)

解析中だけどログアウトしたいときに便利なコマンド＠Linux - 研究メモ (hatenablog.com) 

 

― RAD-seq 解析 ―

【RAD-seq 解析】stacks ― denovo-map.pl 編 ― - 研究メモ (hatenablog.com)

【RAD-seq】stacks のパイプラインプログラムが動かない問題の解決方策 - 研究メモ (hatenablog.com)

【RAD-seq 解析】ipyrad、やってみた - 研究メモ (hatenablog.com)

 

 ― SNP 解析関連 ―

【SNP 解析】vcf ファイルのフィルタリング by Tassel - 研究メモ (hatenablog.com)

【SNP 解析】Neighbor-Net の描画 - 研究メモ (hatenablog.com)

【SNP 解析】STRUCTUREのきれいな図作成への道 by R - 研究メモ (hatenablog.com)

Structure解析とその周辺ソフトウェアの使い方（注意：CLUMPP実行までで終わっています） - 研究メモ (hatenablog.com)

SNPデータでML系統樹作成 - 研究メモ (hatenablog.com)

Rを用いてPCA解析を行う方法 - 研究メモ (hatenablog.com)

Rを用いてDAPC解析を行う方法 - 研究メモ (hatenablog.com)

 

― 腸内細菌叢解析関連 ―

【1】16S rRNA 菌叢解析やってみた（データのインポート～DADA2 によるデノイジング by Qiime2） - Gai memo

【2】16S rRNA 菌叢解析やってみた（メタデータ作成～菌叢棒グラフ作成まで） - Gai memo

【3】16S rRNA 菌叢解析やってみた（visualization of taxonomy abundance, α,β-diversity by MicrobiotaProcess） - Gai memo

  

― ゲノムアセンブリ関連 ―

【de novo ゲノムアセンブリ】SOAPdenovoを使ってみた - 研究メモ (hatenablog.com)

ショットガンシーケンスによるゲノム断片を用いてミトコンドリアゲノムのアセンブリをやってみた - 研究メモ (hatenablog.com)

ぐだぐだde novoゲノムアセンブリ日記 - 研究メモ (hatenablog.com)

 

― その他遺伝子解析関連 ―

集団遺伝学的解析用ソフトウェア「Arlequin」 の使い方 - Gai memo (hatenablog.com)

 Arlequin for Linux の使い方 - Gai memo (hatenablog.com) 

ハプロタイプネットワークの描画 by Network - Gai memo (hatenablog.com)

ultrametric treeを作ってみよう@RStudio - 研究メモ (hatenablog.com)

おまけ　Linux版BEASTを動かす方法 - 研究メモ (hatenablog.com)

Linux版BEASTでTreeAnnotatorを動かす方法 - 研究メモ (hatenablog.com)

  

― 遺伝子解析にまつわる疑問 ―

【疑問】一遺伝子座あたり１SNPをランダム抽出するには？（解決済み） - 研究メモ (hatenablog.com)

NGS生データのフィルタリング by Trimmomatic - 研究メモ (hatenablog.com)

  

― 研究関連の疑問 ―

【疑問】入手困難な書籍の情報源となった論文を探す方法 - 研究メモ (hatenablog.com)

「Fst が高い」の基準のソースってどこ？ - 研究メモ (hatenablog.com)

Rの図のプロットデザイン指定に役立ちそうなブログのメモ - 研究メモ (hatenablog.com)

  

 

― トラブルシューティング ―

【余談】import: unable to open X server エラーの対策 - 研究メモ (hatenablog.com)

winSCPで通常ファイルが表示されない問題の解決策 - 研究メモ (hatenablog.com)

【日記】PCがぶっ壊れた話 - Gai memo

【日記】システムイメージのバックアップがとれなくて困った話（解決済み） - Gai memo

 

―知っていたら便利かもしれない色々―

 

― 研究日記的な記事ども ―