研究室全体の研究費が尽きてしまった関係でそちらに回さなくてはならず、来年度まで研究費で本が買えないという悲劇に見舞われたため、自分の研究費を自分のために使えるようになる新年度までに忘れないよう気になった本を投げていくページを作りました。（…

こんにちは～ ガイです。 ハプロタイプネットワークを描いてみよう、の記事です。 わたしがハプロタイプネットワークを描くのに使っていたソフトウェアは二種類あります。今回はNetwork のご紹介ですが一応二つともおいておきます。 Netrork：Free Phylogene…

本記事は以下の記事の続編です。 細かい設定についてなどはこの記事に書いてありますので、すっとばします。 nemunemu-nyanko.hatenablog.com Linux 版Arlequin を公式からダウンロード＆解凍 arlecore_linux.zip というファイルです インプットファイルの作…

こんにちは～ ガイです。 Arlequin は多機能なソフトウェアですべては網羅しきれないので、とりあえず自分が使った機能の使い方だけ載せていきます。 具体的には Mismatch Distribution 解析 Fst 解析 Neutrality tests です。それ以外の機能についてを求め…

― 遺伝子解析にまつわる疑問 ― 【疑問】一遺伝子座あたり１SNPをランダム抽出するには？（解決済み） - 研究メモ (hatenablog.com) NGS生データのフィルタリング by Trimmomatic - 研究メモ (hatenablog.com) ― 研究関連の疑問 ― 【疑問】入手困難な書籍の情…

― RAD-seq 解析 ― 【RAD-seq 解析】stacks ― denovo-map.pl 編 ― - 研究メモ (hatenablog.com) 【RAD-seq】stacks のパイプラインプログラムが動かない問題の解決方策 - 研究メモ (hatenablog.com) 【RAD-seq 解析】ipyrad、やってみた - 研究メモ (hatenabl…

― 下準備・基礎編 ― 【Linux/ubuntsu】Windows10でバイオインフォマティクス系ソフトウェアを使うための準備 - 研究メモ (hatenablog.com) 【超初心者向け】ソフトウェアのインストール方法 - 研究メモ (hatenablog.com) 解析中だけどログアウトしたいときに…

行きたい学科に行けなかったひとへ - 研究メモ (hatenablog.com) 【研究日記】D1 ノーデータの夏 - 研究メモ (hatenablog.com) Nanoporeに挑戦する話（下準備編） - 研究メモ (hatenablog.com) 【覚書？】学振書類の修正ポイント - Gai memo

英語論文を書く際に便利なツール（随時更新） - Gai memo (hatenablog.com) 【疑問】大学の講義内容をブログに書いていいの？ - Gai memo (hatenablog.com) 【いまさら！？】論文の探し方をまとめてみました - Gai memo (hatenablog.com) 【いまさら！？】We…

後々学生生活を振り返るために書いておいた方がいいだろうと思いながらも書けずにいたD1前期の日記です。 タイトルの通り、メインテーマについて自分はここまでノーデータです。 理由は色々ありますが、一番は博士に入ってから始めた無菌操作に自分が致命的…

前期に論文の読み方・書き方を初めてきちんと習った結果「もっと早く知りたかった」と繰り返すだけの憐れな妖怪になってしまいました。これ以上妖怪を生み出さないために記事にします。 論文の読み方を学ぶメリット 論文の種類 １．原著（Original） ２．総…

こんにちは～ 気がついたら前回の更新から一ヶ月経っていて驚きました。 タイトルを見て、コイツいままでどうやって知らずに生きてきたんだよ、って感じだと思います。わたしもそう思います。 この春に講義できちんと論文の探し方を教わり、良い機会だなと思…

論文を探す時に便利なWeb of science の機能についてまとめました。 データベースに関してまとめた別記事にWeb of science についても書こうと思っていたのですが、あまりにもWeb of science だけ長くなっちゃったので分けてます。 この記事を書いてから気が…

こんにちは〜 ガイです。 新しい研究室に入ってから二ヶ月以上更新が途絶えておりましたが、生きています。忙しいけど元気です。 博士に入ってから講義が楽しい！修士で受けた講義も面白かったですが、博士は興味のど真ん中の分野を選んだのでどれもこれも興…

生命科学分野のみんなたち～ 論文を書くときに便利なツールをご紹介する記事だよ～ この記事には、実は知ってて当たり前かもしれないけれどわたしは知らなかった、というツールを載せていこうと思っています。といっても今のところ二つしかないので（すみま…

進級が決まった皆さん、おめでとうございます。 わたしは2015年度に総合入試で入学し、行きたい学科に行くことができなかった学生です。おかげで後悔の多い学部時代を過ごしました。しかし、修士課程から軌道修正して研究が楽しくなり、この春からは博士後期…

いままで散々ショットガンシーケンスで読んだ配列からゲノム構築をやろうと試みてきましたが、結局のところ「無理なものは無理」という結論に達したM2の冬。 しかし、なんとこの春、共同研究を組んでいる研究室に最近噂のナノポアが導入されることに！しかも…

window.dataLayer = window.dataLayer || []; function gtag(){dataLayer.push(arguments);} gtag('js', new Date()); gtag('config', 'G-23Q4TM2ZZY'); こんにちは～ 目次ページだよ ― 下準備・基礎編 ― 【Linux/ubuntsu】Windows10でバイオインフォマティ…

import コマンドを使うとwindows ユーザーは「import: unable to open X server」ってエラーが出て先に進めなくなるのではないかと思います。 以下解決策です。 参考：https://qiita.com/ryoi084/items/0dff11134592d0bb895c １．IPアドレスの割当 vi ~/.bas…

www.maizegenetics.net 【お詫び】現在アップデート版が出ているようなのですが、いまアップデートしてエラーが出ると大変なことになるので、自分が10 月にダウンロードしたTassel5 についての説明を書きます。ごめんなさい。

使うソフトウェア：splits tree uni-tuebingen.de

後輩に先日の記事をもとにdenovo_map.pl を使ってもらったところ、動きません！と言われてしまいました。 言われてみれば、わたしも自分がstacks を使うときかなり苦労した記憶が… 必死で記憶を呼び戻して解決したので、もし、先日の記事の方法で動かなかっ…

これまでも書いている通り、わたしは基本的にはAnaconda を用いてソフトウェアのインストールを行っています。周辺パッケージのインストールやパッケージへのパス通しも全部自動でやってくれてとっても楽なので。 docs.anaconda.com しかし、世の中にはAnaco…

ipyrad かなりいい！stacks よりSNP たくさん拾える！と喜んでいたのも束の間、タイトル通りの疑問が発生してしまいました。 ipyrad にもランダムサンプリングオプションはあるのですが、ランダムサンプリングで出せるのは.phy 形式とstructure 形式だけなん…

NGS で読んだ配列にはアダプターが付いています。解析する前に生データからこのアダプターを取り除いたり、低クオリティのリードは除去したりする必要があります。 今回はその工程を紹介します。 アダプターってなに、という人はこのサイトを見てみてね。 今…

ずっと先延ばしにしていたstacks の記事を書きます。後輩からの需要の関係で、まずはリファレンス配列なしのパイプライン解析プログラムdenovo_map.pl の使い方から。 catchenlab.life.illinois.edu インプットファイル名をソフトウェアが認識できる形式に変…

年始以降ずっと放置していたゲノムアセンブリを再開しました。今回のソフトはSOAPdenovo2 です。 参考：De novoアセンブリ関連のツールまとめ（主にショートリード） - macでインフォマティクス (hatenablog.com)

わたしは今までRAD-seq データからのSNP コールにはstacks を使っていたのですが、系統比較にはipyrad のほうが強いかも、という話を聞いてipyrad も使ってみることにしました。stacks の使い方をまだまとめていないのに先にipyrad 書いてしまって後輩各位に…

サーバー上で解析を行う際、ファイルのやり取りには「winSCP」というソフトウェアを使っているんですけど、サーバーフォルダ内のファイルが目に見える形で表示されなくて困っていました。 右側がサーバー上のフォルダ内なのですが、左（ローカル）フォルダの…

前回Structure→Structure Harvester→CLUMPP→distruct の流れに失敗したという記事を書きましたが、今回はその続きです。STRUCTURE の結果をきれいに出すことだけを目標に書いていきます。