こんにちは～、ガイです。 先週ついにChatGPT に課金しました！月3000 円の月謝は（安くない♪）ので、いろいろ使っていきたいと思っています。 前回記事が長くなりすぎたので分割しましたが、今回は前回の続きのような内容です。 今度はbot ではなくメールと…
こんにちは～、ガイです。 先週ついにChatGPT に課金しました！月3000 円の月謝は（安くない♪）ので、いろいろ使っていきたいと思っています。 第一弾として動物行動に関する論文情報を自動取得・要約・日本語訳するbot を作ってみました。 @nemunemu-nyanko…
こんにちは～。ガイです。 研究室見学に行く際の質問事項を自分用にまとめたので投下します。ソースのブログも載せておきます。 これを実践したところで本当のところは入ってみないとわからないのですが。 失敗する方法はいくらでもわかるのに成功する方法は…
こんにちは～、ガイです。今回はR グラフ描画の備忘録です。ChatGPT と相談しながらfor 文を使ってなるべくデータごとに詳細を変更しないで済むようにするスクリプトを書きました。 たとえば、以下の共通の操作の項目のところにインプットデータ例を示してい…
こんにちは～。ガイです。 前回、前々回で生データ処理～分類群情報とその頻度を取得するところまで終わりました。ここからはいよいよ様々な指標の可視化に入っていきます。 ブログを見ている人にはお察しかもしれませんが、わたしはR スキルがあまりありま…
こんにちは～。ガイです。前回の続きを書いていこうと思います。 前回までで、Qiime2 conceptual-overview でいうところのFeature Table とRepresentative Sequences が手に入りました。ここからようやく解析らしい解析に入っていけます。本当はconceptual-o…
こんにちは～。ガイです。生きてます。博士課程の荒波に揉まれて瀕死になっていました。現在D3なのですが、なんとこの春から研究テーマが変わりました。その辺りからも崖っぷち度合いはお察しいただけると思います。大人の事情でふたたびバイオインフォっぽ…
こんにちは～。ガイです。今回はExcel の話です。 PCが壊れてExcel 入れなおしたら普段ゴリゴリに使っていた「従来のウィザードを用いたテキストの読み込み」が選択肢に表示されなくなって焦ったので、入れる方法をメモります。 「従来のウィザードを用いた…
今回の帰省から父に雑草の名前を習い始めたが、わたしには草の名前を覚える才能がないらしい。前日に習ったオヒシバを指して「オヒルギ」と言って父に「それじゃマングローブだよ」と笑われたうえ、指さしたそれはオヒシバではなくキシュウスズメノヒエとい…
夏といえば、で思い浮かぶものは色々あるが、カブトムシもそのひとつだろう。少なくともわたしにとってカブトムシ採集は恒例の夏イベントの一つだった。今でも父親に誘われれば一緒に出掛けていく。 新しく入った研究室の教授は虫捕りが好きで、先日、大学内…
先日、PCが壊れたという記事を書いて「みんな！システムイメージのバックアップを取ろう！」と呼びかけたくせに、自分はバックアップとるのに失敗していました。PC復元当日はできたと思ったのに、次の日にソフトやら環境やらを整えてから取り直そうとしたら…
こんにちは～。ガイです。M1から使っていたPCが壊れたので日記を書きました。 結論から言うと、PCは直った（ように見えます）が、出荷時の状態に戻りました。すべてのデータがまっさらです。とはいえ、研究関連のデータはすべてOneDriveに入れていたので（恐…
こんにちは～。自分用メモです。今回は生物をかじった人間なら誰でも知っているはずなのに、わたし自身はあまり考えずにやってきてしまった「四つのなぜ」について整理しました。ティンバーゲンの「四つのなぜ」は講義で何度も聞いてきたはずなのに、あまり…
こんにちは～、ガイです。 正規性の検定を今までやったことがなかったんですが、統計の勉強をしていたら怖くなってきたのでやり方を勉強しました。この検定はパラメトリック検定をやるかノンパラメトリック検定をやるかを決めるときに使います。 正規性の検…
こんにちは～ お久しぶりです、ガイです。 更新していない間のD2になりました。DC2ラストチャンスの年です。 DC1も出していたのでこれが三度目のチャレンジ。計画に多少の変化はあるものの、あまり大きな変更はないので二年分の修正＋今年分の修正が入った書…
わたしは子どもが苦手だ。いや、正確には「子どもに対する若い女性らしい反応」を求められるのが苦手であるがゆえに、子どもにも苦手意識があるのだと思う。そうだといいな。 子どもを「可愛い」と思う感情が薄い。街ゆく子どもを遠目に見て可愛いな、と思う…
ガイです。今回はお貧乏ラボに所属するようになった自分用の覚書です。 １．何はともあれ、査読付き論文で使われているかどうかが一番大事 ２．メーカー名で信用しない ３．先行研究が無い場合も適当に選ばない ４．使用量を計算 １．何はともあれ、査読付き…
こんにちは～ ガイです。 お正月ですね。今年も本ブログをどうぞよろしくお願いいたします。 さて、年末休暇に入ってからというもの、わたしは研究に手を付けるのが嫌になって『理科系の作文技術』という、理系の文章の書き方の古典 of 古典の本を読み始めま…
研究室全体の研究費が尽きてしまった関係でそちらに回さなくてはならず、来年度まで研究費で本が買えないという悲劇に見舞われたため、自分の研究費を自分のために使えるようになる新年度までに忘れないよう気になった本を投げていくページを作りました。（…
こんにちは～ ガイです。 ハプロタイプネットワークを描いてみよう、の記事です。 わたしがハプロタイプネットワークを描くのに使っていたソフトウェアは二種類あります。今回はNetwork のご紹介ですが一応二つともおいておきます。 Netrork：Free Phylogene…
本記事は以下の記事の続編です。 細かい設定についてなどはこの記事に書いてありますので、すっとばします。 nemunemu-nyanko.hatenablog.com Linux 版Arlequin を公式からダウンロード＆解凍 arlecore_linux.zip というファイルです インプットファイルの作…
こんにちは～ ガイです。 Arlequin は多機能なソフトウェアですべては網羅しきれないので、とりあえず自分が使った機能の使い方だけ載せていきます。 具体的には Mismatch Distribution 解析 Fst 解析 Neutrality tests です。それ以外の機能についてを求め…
― 遺伝子解析にまつわる疑問 ― 【疑問】一遺伝子座あたり１SNPをランダム抽出するには？（解決済み） - 研究メモ (hatenablog.com) NGS生データのフィルタリング by Trimmomatic - 研究メモ (hatenablog.com) ― 研究関連の疑問 ― 【疑問】入手困難な書籍の情…
― RAD-seq 解析 ― 【RAD-seq 解析】stacks ― denovo-map.pl 編 ― - 研究メモ (hatenablog.com) 【RAD-seq】stacks のパイプラインプログラムが動かない問題の解決方策 - 研究メモ (hatenablog.com) 【RAD-seq 解析】ipyrad、やってみた - 研究メモ (hatenabl…
― 下準備・基礎編 ― 【Linux/ubuntsu】Windows10でバイオインフォマティクス系ソフトウェアを使うための準備 - 研究メモ (hatenablog.com) 【超初心者向け】ソフトウェアのインストール方法 - 研究メモ (hatenablog.com) 解析中だけどログアウトしたいときに…
行きたい学科に行けなかったひとへ - 研究メモ (hatenablog.com) 【研究日記】D1 ノーデータの夏 - 研究メモ (hatenablog.com) Nanoporeに挑戦する話（下準備編） - 研究メモ (hatenablog.com) 【覚書？】学振書類の修正ポイント - Gai memo
英語論文を書く際に便利なツール（随時更新） - Gai memo (hatenablog.com) 【疑問】大学の講義内容をブログに書いていいの？ - Gai memo (hatenablog.com) 【いまさら！？】論文の探し方をまとめてみました - Gai memo (hatenablog.com) 【いまさら！？】We…
後々学生生活を振り返るために書いておいた方がいいだろうと思いながらも書けずにいたD1前期の日記です。 タイトルの通り、メインテーマについて自分はここまでノーデータです。 理由は色々ありますが、一番は博士に入ってから始めた無菌操作に自分が致命的…
前期に論文の読み方・書き方を初めてきちんと習った結果「もっと早く知りたかった」と繰り返すだけの憐れな妖怪になってしまいました。これ以上妖怪を生み出さないために記事にします。 論文の読み方を学ぶメリット 論文の種類 １．原著（Original） ２．総…
こんにちは～ 気がついたら前回の更新から一ヶ月経っていて驚きました。 タイトルを見て、コイツいままでどうやって知らずに生きてきたんだよ、って感じだと思います。わたしもそう思います。 この春に講義できちんと論文の探し方を教わり、良い機会だなと思…
