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Linux版BEASTでTreeAnnotatorを動かす方法

インターフェース付きBEASTのTree annotator はMCMCの回数を増やすと動いてくれないのでLinux版でやってみた。

LinuxBEASTをインストール

LinuxBEASTの簡単なチュートリアルはこのサイトへ

Introduction to BEAST - Bioinformatics Tutorials (bioinformatics-tutorials.readthedocs.io)

このチュートリアルはかなりシンプルなので以下で自分が回した方法を説明します。

 

 

TreeAnnotatorが入っているフォルダにパスを通す
export PATH="$PATH:/自分のLinuxBEASTを入れたフォルダへのパス/beast/bin/treeannotator"

パラメータの説明は以下(サイトからそのまま持ってきました)。

TreeAnnotator | BEAST Documentation

Usage: treeannotator [-heights <keep|median|mean|ca>] [-burnin <i>] [-burninTrees <i>] [-limit <r>] [-target <target_file_name>] [-help] [-forceDiscrete] [-hpd2D <the HPD interval to be used for the bivariate traits>] <input-file-name> [<output-file-name>]
    -heights an option of 'keep' (default), 'median', 'mean' or 'ca'
    -burnin the number of states to be considered as 'burn-in'
    -burninTrees the number of trees to be considered as 'burn-in'
    -limit the minimum posterior probability for a node to be annotated
    -target specifies a user target tree to be annotated
    -help option to print this message
    -forceDiscrete forces integer traits to be treated as discrete traits.
    -hpd2D specifies a (vector of comma seperated) HPD proportion(s)

Example: treeannotator test.trees out.txt
Example: treeannotator -burnin 10 -heights mean test.trees out.txt
Example: treeannotator -burnin 20 -target map.tree test.trees out.txt


わたしがいつもやっているパラメータで調整したスクリプトは以下です。
./treeannotator -burnin 10 -heights ca -limit 0.1 hoge.trees out.nexus

 

最後のout.nexus に結果のツリーが書き込まれるので忘れずにつけること。

ちなみにLinux版のほうがMCMCの回数を増やしても耐えられる感じ(体感)がするけど、やはり馬鹿みたいに増やしたり無理な計算をさせると厳しいです。

ただちょっとは無理させることができるかな、ってところなのでtracer で見た時の数値が惜しい…あと少しだけMCMC増やしたい…って時に使える。