―使ったソフトー ・系統樹の描画 RAXML-NG (GitHub - amkozlov/raxml-ng: RAxML Next Generation: faster, easier-to-use and more flexible) ・系統樹作成にあたってのモデル選択 ModelTest-NG (Releases · ddarriba/modeltest · GitHub) ・invariant sites…

【超初心者向けです】 Windows10でバイオインフォマティクス系ソフトウェアを使うための一連の流れです。 【2021/11/14 追記】 GitHub - microsoft/wslg: Enabling the Windows Subsystem for Linux to include support for Wayland and X server related sc…

解析中だけど帰りたい！サーバー上で解析中だけどデータ通信が不安定で解析中に途切れそう！なときに便利なコマンドがnohupとdisownです。 具体的にこの二つが何をしているのかはこのページを見るとわかります。 HUPシグナルとnohupとdisownとバック/フォア…

はじめに注意ですが、何かの解析のインプットとして用いる場合、同じUltrametricTreeでも、作り方によってその後の解析の結果の精度が変わるようです（例：GMYC解析）。したがって、先行研究を見て、どんな方法でultrametric treeを作っているのかを確認した…

Linux 版BEASTもちょっとは無理が利く印象（体感です）。 使い方は以下。

インターフェース付きBEASTのTree annotator はMCMCの回数を増やすと動いてくれないのでLinux版でやってみた。 Linux版BEASTをインストール Linux版BEASTの簡単なチュートリアルはこのサイトへ Introduction to BEAST - Bioinformatics Tutorials (bioinform…

ここまでのあらすじ 非モデル生物のゲノムをショットガンシーケンスで読み、リードのフィルタリングを行いました。あとはアセンブリをすればドラフトゲノム完成！な訳でしたが… アセンブリが終わらなーーーーーい！

SNPデータ入りのvcfファイルからPCAをする方法を教わったのでメモ。デモデータは202座位33個体、参照URLの閲覧日は本記事を作成した2020年12月19日現在のものとします。 PCA とは →A Tutorial on Principal Component Analysis pca.dvi (cmu.edu)

Rを使ってSNPデータ入りのvcfファイルからDAPCをする方法を教わったのでメモ。 解析にはRstudioを使っています。 デモデータは202座位33個体、参照URLの閲覧日は本記事を作成した2020年12月19日現在のものとします。 ちなみに、DAPCとPCAのインプットは各遺…