使うソフトウェア：splits tree
インプットファイル：Stacks で出したvcf をNexus 形式に変換したもの
【注意】使うファイルはNexus ですが、なぜかvcf から一発変換だとうまくいかないらしく、Phylip 形式を経由してNexus で保存します。
vcf ファイルの変換に用いるソフトはPGDspider
生成されたNexus ファイルはこんな感じ
【注意】一番下のEND; 以下「～END;」は残しておくとエラーが出るので消します
これでインプットファイルの完成。
Splits tree にインプットする。Splits tree はインターフェース付きのソフトウェアです。
ありがたいですね。
Splits tree を開くとこういうエラーが出るかもしれません（自分のものは2020 年10 月にインストールしたバージョンなので、今は改善されているかも？）。
【注意】ここでOK を押すとウインドウがすべて閉じてしまってソフトが使えないので、OK を押さずにエラーウインドウを脇に放っておく。実はエラーが出たままでも図は書けます。
File＞Open＞インプットファイルを開くで図が表示されます。
各ネットワークの線を選択＞Format Nodes and edges で線やID の色を変えられます。
また、Splits Treeを閉じようとすると「保存しますか？」と訊かれますが、ここで保存してしまうとInput File が書き換えられてしまうらしいです。
その他、使い方がまだ全然わかっていないのですが、マスターする時間的余裕が無かったので、自分はネットワークの色などはsvg ファイルで保存後にillustratorで後から編集してます。すみません。
