window.dataLayer = window.dataLayer || []; function gtag(){dataLayer.push(arguments);} gtag('js', new Date()); gtag('config', 'G-23Q4TM2ZZY'); こんにちは～ 目次ページだよ ― 下準備・基礎編 ― 【Linux/ubuntsu】Windows10でバイオインフォマティ…

import コマンドを使うとwindows ユーザーは「import: unable to open X server」ってエラーが出て先に進めなくなるのではないかと思います。 以下解決策です。 参考：https://qiita.com/ryoi084/items/0dff11134592d0bb895c １．IPアドレスの割当 vi ~/.bas…

www.maizegenetics.net 【お詫び】現在アップデート版が出ているようなのですが、いまアップデートしてエラーが出ると大変なことになるので、自分が10 月にダウンロードしたTassel5 についての説明を書きます。ごめんなさい。

使うソフトウェア：splits tree uni-tuebingen.de

後輩に先日の記事をもとにdenovo_map.pl を使ってもらったところ、動きません！と言われてしまいました。 言われてみれば、わたしも自分がstacks を使うときかなり苦労した記憶が… 必死で記憶を呼び戻して解決したので、もし、先日の記事の方法で動かなかっ…

これまでも書いている通り、わたしは基本的にはAnaconda を用いてソフトウェアのインストールを行っています。周辺パッケージのインストールやパッケージへのパス通しも全部自動でやってくれてとっても楽なので。 docs.anaconda.com しかし、世の中にはAnaco…

ipyrad かなりいい！stacks よりSNP たくさん拾える！と喜んでいたのも束の間、タイトル通りの疑問が発生してしまいました。 ipyrad にもランダムサンプリングオプションはあるのですが、ランダムサンプリングで出せるのは.phy 形式とstructure 形式だけなん…

NGS で読んだ配列にはアダプターが付いています。解析する前に生データからこのアダプターを取り除いたり、低クオリティのリードは除去したりする必要があります。 今回はその工程を紹介します。 アダプターってなに、という人はこのサイトを見てみてね。 今…

ずっと先延ばしにしていたstacks の記事を書きます。後輩からの需要の関係で、まずはリファレンス配列なしのパイプライン解析プログラムdenovo_map.pl の使い方から。 catchenlab.life.illinois.edu インプットファイル名をソフトウェアが認識できる形式に変…

年始以降ずっと放置していたゲノムアセンブリを再開しました。今回のソフトはSOAPdenovo2 です。 参考：De novoアセンブリ関連のツールまとめ（主にショートリード） - macでインフォマティクス (hatenablog.com)

わたしは今までRAD-seq データからのSNP コールにはstacks を使っていたのですが、系統比較にはipyrad のほうが強いかも、という話を聞いてipyrad も使ってみることにしました。stacks の使い方をまだまとめていないのに先にipyrad 書いてしまって後輩各位に…

サーバー上で解析を行う際、ファイルのやり取りには「winSCP」というソフトウェアを使っているんですけど、サーバーフォルダ内のファイルが目に見える形で表示されなくて困っていました。 右側がサーバー上のフォルダ内なのですが、左（ローカル）フォルダの…