研究メモブログの目次

遺伝子解析

ハプロタイプネットワークの描画 by Network

こんにちは~ ガイです。 ハプロタイプネットワークを描いてみよう、の記事です。 わたしがハプロタイプネットワークを描くのに使っていたソフトウェアは二種類あります。今回はNetwork のご紹介ですが一応二つともおいておきます。 Netrork:Free Phylogene…

Arlequin for Linux の使い方

本記事は以下の記事の続編です。 細かい設定についてなどはこの記事に書いてありますので、すっとばします。 nemunemu-nyanko.hatenablog.com Linux 版Arlequin を公式からダウンロード&解凍 arlecore_linux.zip というファイルです インプットファイルの作…

集団遺伝学的解析用ソフトウェア「Arlequin」 の使い方

こんにちは~ ガイです。 Arlequin は多機能なソフトウェアですべては網羅しきれないので、とりあえず自分が使った機能の使い方だけ載せていきます。 具体的には Mismatch Distribution 解析 Fst 解析 Neutrality tests です。それ以外の機能についてを求め…

遺伝子解析の記事一覧

― RAD-seq 解析 ― 【RAD-seq 解析】stacks ― denovo-map.pl 編 ― - 研究メモ (hatenablog.com) 【RAD-seq】stacks のパイプラインプログラムが動かない問題の解決方策 - 研究メモ (hatenablog.com) 【RAD-seq 解析】ipyrad、やってみた - 研究メモ (hatenabl…

NGS生データのフィルタリング by Trimmomatic

NGS で読んだ配列にはアダプターが付いています。解析する前に生データからこのアダプターを取り除いたり、低クオリティのリードは除去したりする必要があります。 今回はその工程を紹介します。 アダプターってなに、という人はこのサイトを見てみてね。 今…

【RAD-seq 解析】stacks ― denovo-map.pl 編 ―

ずっと先延ばしにしていたstacks の記事を書きます。後輩からの需要の関係で、まずはリファレンス配列なしのパイプライン解析プログラムdenovo_map.pl の使い方から。 catchenlab.life.illinois.edu インプットファイル名をソフトウェアが認識できる形式に変…

【de novo ゲノムアセンブリ】SOAPdenovoを使ってみた

年始以降ずっと放置していたゲノムアセンブリを再開しました。今回のソフトはSOAPdenovo2 です。 参考:De novoアセンブリ関連のツールまとめ(主にショートリード) - macでインフォマティクス (hatenablog.com)

【RAD-seq 解析】ipyrad、やってみた

わたしは今までRAD-seq データからのSNP コールにはstacks を使っていたのですが、系統比較にはipyrad のほうが強いかも、という話を聞いてipyrad も使ってみることにしました。stacks の使い方をまだまとめていないのに先にipyrad 書いてしまって後輩各位に…

【SNP 解析】STRUCTUREのきれいな図作成への道 by R

前回Structure→Structure Harvester→CLUMPP→distruct の流れに失敗したという記事を書きましたが、今回はその続きです。STRUCTURE の結果をきれいに出すことだけを目標に書いていきます。

Structure解析とその周辺ソフトウェアの使い方(注意:CLUMPP実行までで終わっています)

Structure 解析は、 このサイト(How to STRUCTURE)を見れば万事オッケー!と思っていたわたしですが、いざやってみたらこのサイトで紹介されているインプットファイルがうまく使えませんでした。たぶんわたしがポンコツなせいなのですが。 したがって、あ…

ショットガンシーケンスによるゲノム断片を用いてミトコンドリアゲノムのアセンブリをやってみた

ようやく修論の日本語版が一通り出来上がったので、ふたたびアセンブリ沼に帰ってきました。ショットガンシーケンスからのゲノム作成はちょっと心が折れたので(参照:ぐだぐだde novoゲノムアセンブリ日記 - 研究メモ)、一旦ミトゲノムでも作ってみますか…

【疑問】入手困難な書籍の情報源となった論文を探す方法

リモートで困ること「引用したい情報の大元が書籍だった場合、図書館が近くにないので詰む」 更にその書籍の情報源となった論文であれば大学の権限で恐らく読めるのですが、書籍が読めないので情報の引用元を探せない→DEATH になっているのですが、書籍を読…

「Fst が高い」の基準のソースってどこ?

Fst の値が高い、ということを示したいのですが、その基準のソースとなっている論文が見つかりません。ソース求む…。 Fst は集団の分集団間の遺伝的分化をヘテロ接 合体率の期待値と観察値の差から推定するパラメータで ある。通常,Fst が 0.25 以上では非…

Rでの描画に役立ちそうなサイト

【2022/09/09 更新】ggplot2 での描画で役立ったブログ 全般 ggplot2を使った描画 その1 箱ひげ図と凡例や軸ラベルの書き方 - https://qiita.com/fujino-fpu/items/3ca475303796b9b622a6 #Qiita グラフの体裁を整える 【 x軸の順番変更 】 My notepad: ggplo…

【SNP 解析】ML系統樹作成

―使ったソフトー ・系統樹の描画 RAXML-NG (GitHub - amkozlov/raxml-ng: RAxML Next Generation: faster, easier-to-use and more flexible) ・系統樹作成にあたってのモデル選択 ModelTest-NG (Releases · ddarriba/modeltest · GitHub) ・invariant sites…

【Linux/ubuntsu】Windows10でバイオインフォマティクス系ソフトウェアを使うための準備

【超初心者向けです】 Windows10でバイオインフォマティクス系ソフトウェアを使うための一連の流れです。 【2021/11/14 追記】 GitHub - microsoft/wslg: Enabling the Windows Subsystem for Linux to include support for Wayland and X server related sc…

ultrametric treeを作ってみよう@RStudio

はじめに注意ですが、何かの解析のインプットとして用いる場合、同じUltrametricTreeでも、作り方によってその後の解析の結果の精度が変わるようです(例:GMYC解析)。したがって、先行研究を見て、どんな方法でultrametric treeを作っているのかを確認した…

おまけ Linux版BEASTを動かす方法

Linux 版BEASTもちょっとは無理が利く印象(体感です)。 使い方は以下。

Linux版BEASTでTreeAnnotatorを動かす方法

インターフェース付きBEASTのTree annotator はMCMCの回数を増やすと動いてくれないのでLinux版でやってみた。 Linux版BEASTをインストール Linux版BEASTの簡単なチュートリアルはこのサイトへ Introduction to BEAST - Bioinformatics Tutorials (bioinform…

ぐだぐだde novoゲノムアセンブリ日記(Platanus, MaSuRCA)

ここまでのあらすじ 非モデル生物のゲノムをショットガンシーケンスで読み、リードのフィルタリングを行いました。あとはアセンブリをすればドラフトゲノム完成!な訳でしたが… アセンブリが終わらなーーーーーい!

Rを用いてPCA解析を行う方法

SNPデータ入りのvcfファイルからPCAをする方法を教わったのでメモ。デモデータは202座位33個体、参照URLの閲覧日は本記事を作成した2020年12月19日現在のものとします。 PCA とは →A Tutorial on Principal Component Analysis pca.dvi (cmu.edu)

Rを用いてDAPC解析を行う方法

Rを使ってSNPデータ入りのvcfファイルからDAPCをする方法を教わったのでメモ。 解析にはRstudioを使っています。 デモデータは202座位33個体、参照URLの閲覧日は本記事を作成した2020年12月19日現在のものとします。 ちなみに、DAPCとPCAのインプットは各遺…